Toprakta yaşayan zararlı etmenlerden, özellikle yıllık ve çok yıllık yabancı otlar, nemotodlar, funguslar ve toprak kurtlarına karşı kullanılan bir metotdur.
Bu şekilde fümigasyonda esas ekim veya dikim tavındaki toprağın 30-35 cm derinlikte işlenip tavsiye edildikten sonra, fümige edilecek sahanın kenarlarının 20 cm derinliğinde çukur açılması ve çadırın bu sahaya kiremit çatı tarzında örtülerek fümigantın verilmesidir. Eğer fümige edilecek toprak yığın halinde ise bu işlem çadır yığın üzerine örtülerek kenarlarının kapatılması suretiyle yapılır.
Toprak fümigasyonunda fümigasyon işlemine başlamadan önce toprağın 10 cm derinliğindeki ısısı ölçülmelidir.